Antik çağlardan beri insanlar, çevrenin ve gıdanın bir bireyin sağlık durumuna müdahale edebileceğini biliyor, gıda ve bitkileri ilaç olarak kullanıyorlardı.
Bilimin ilerlemesiyle özellikle İnsan Genomu Projesi'nin (HGP) sona ermesinden sonra bilim adamları genler ve gıda biyoaktif bileşikleri arasındaki etkileşimin bir bireyin sağlığını olumlu mu yoksa olumsuz mu etkileyeceğini sorgulamaya başladılar. Genler ve besinler arasındaki bu etkileşimi değerlendirmek için "Nutrigenomik" terimi oluşturuldu. Nutrigenomi genler ve besinler arasındaki mevcut karşılıklı etkileşimleri moleküler düzeyde aramak ve açıklamak için biyokimya, fizyoloji, beslenme, genomik, proteomik, metabolomik, transkriptomik ve epigenomik kullanımına karşılık gelir. Bu etkileşimlerin (gen-besin) keşfi, her bireyin genotipine göre özelleştirilmiş diyetlerin reçetelenmesine yardımcı olacaktır. Böylece, özellikle şu anda önemli bir dünya halk sağlığı sorunu olarak kabul edilen Bulaşıcı Olmayan Kronik Hastalıklar alanında mevcut hastalıkların semptomlarını hafifletmek veya gelecekteki hastalıkları önlemek mümkün olacaktır.