Gizemli mumyalar müzeye gelen ziyaretçilerin en merak ettiklerinin başında geliyor.
İlhanlılar döneminde Anadolu Nazırı Şehzade Cumudar, Amasya Emiri İşbuğa Nuyin, İzzettin Mehmet Pervane Bey, eşi ve çocuklarına ait mumyalar, nem ile ısı ayarı yapılan özel bölümde muhafaza ediliyor. 14. yüzyıldan kalma mumyalar iç organlarıyla mumyalanan Türk ve Müslüman kişiler olarak dikkat çekiyor.