Bilecik Söğüt'te belediye başkanı olduğu sırada, 2017 yılında partisinden istifa ederek İYİ Parti’ye geçen Halil Aydoğdu, yeni partisinden de istifa etti. Aydoğdu, 31 Mart 2019 Yerel Seçimleri'nde İYİ Parti’den Bilecik Söğüt Belediye Başkan adayı olmuş ancak bu kez seçimi kaybetmişti.

İYİ Parti'nin kurucuları arasında yer alan Halil Aydoğdu, istifasına ilişkin sosyal medya hesabından açıklamalarda bulundu. Aydoğdu, "Kurulduğu günden itibaren, milletimize büyük umut olan partimizde üst üste yapılan hatalar sonucunda arzu edilen neticeye ulaşılamadı. Bu süreçte birlikte yol yürüdüğümüz, bizimle birlikte olmaktan çekinmeyen cesur yürekli dava arkadaşlarıma, bizlere destek olan seçmenlerimize en kalbi duygularla teşekkür ediyorum" dedi.